DA4117 Ievads biotehnoloģijā un proteīnu bioloģijā

Kods DA4117
Nosaukums Ievads biotehnoloģijā un proteīnu bioloģijā
Statuss Obligātais/Ierobežotās izvēles
Līmenis un tips Pamatstudiju, Akadēmiskais
Tematiskā joma Bioloģija
Struktūrvienība Dabaszinātņu un tehnoloģiju fakultāte
Mācībspēks Dmitrijs Stepanovs
Kredītpunkti 6.0
Daļas 1
Anotācija Studiju kurss veido saikni starp bioķīmijas pamatiem, virsmu zinātni un proteīnu inženieriju, nodrošinot padziļinātu studiju saturu studentiem, kuri ir apguvuši pamatkursus ķīmijā, fizikā un matemātikā..
Studiju kursa saturs
Saturs Pilna un nepilna laika klātienes studijas Nepilna laika neklātienes studijas
Kontaktstundas Patstāvīgais darbs Kontaktstundas Patstāvīgais darbs
Molekulārās bioloģiskās ķīmijas pamatu atkārtojums. Centrālā ģenētiskā dogma. Gēni un gēnu ekspresija. Galvenās bioloģisko polimēru klases un to funkcijas. Vispārīgās un organiskās ķīmijas pamati: stehiometrija, organisko reakciju mehānismi, ķīmiskie līdzsvari un nekovalentās mijiedarbības. 2 4 0 0
Ievads proteīnu biomateriālos. Peptīdsaites ķīmija, N- un C-gala nomenklatūra, aminoskābju sānu ķēžu klasifikācija un dabisko materiālu daudzveidība. 4 6 0 0
Makromolekulu salocīšanās (folding) un termodinamika. Primārā, sekundārā (alfa spirāles, beta loksnes, beta pagriezieni), terciārā un kvartārā struktūra; Anfinsena eksperiments un Levinthāla paradokss. 4 6 0 0
Salocīto stāvokļu termodinamiskā stabilitāte. Entropijas un entalpijas līdzsvars ūdens vidē, hidrofobie efekti, sāls tilti un denaturācijas koordinātas. 4 6 0 0
Šķiedrainie proteīni: dabiskie strukturālie polimēri. Zīds, kolagēns, keratīns un elastīns. 4 6 0 0
Rekombinantās ekspresijas vektori biomateriālu iegūšanai. Vektoru uzbūve (promotori, marķieri, afinitātes tagi, replikācijas sākumpunkti) un saimniekorganismu izvēle biomateriālu sintēzei. 4 6 0 0
Proteīnu inženierija: virzītā un racionālā dizaina pieejas. Vietspecifiskās mutaģenēzes praimeri, gēnu montāža ar PCR metodi un telpisko ierobežojumu pielāgošana katalītiskajos centros. 4 6 0 0
Saimniekorganisma reakcija un bioloģiskā saderība. Akūtā bioloģiskā reakcija, asins recēšanas kaskāde, komplementa sistēmas aktivācija un svešķermeņa reakcija. 4 6 0 0
Virzītā evolūcija un displeja tehnoloģijas. Peptīdu displeja bibliotēkas, fāgu displejs, rauga displejs, mRNS displejs un SELEX atlases metodes. 4 6 0 0
Intelektuālais īpašums, bioētika un regulatīvā zinātne. Patentēšanas kritēriji modificētām biomolekulām, GLP (Labas laboratorijas prakses) un GMP (Labas ražošanas prakses) principi proteīnu ražošanā, kā arī ISO bioloģiskās saderības standarti. 4 6 0 0
Praktiskie darbi datorvidē. 10 18 0 0
Semināri ar projektu izstrādi un gadījumu analīzi. 14 18 0 0
Kopā: 62 94 0 0
Mērķis un uzdevumi, izteikti
kompetencēs un prasmēs
Studiju kursa mērķis ir sniegt studentiem zināšanas par proteīnu bioloģiju un veidot saikni starp molekulāro bioloģiju, organisko ķīmiju, proteīniem kā materiāliem un rūpniecisko ražošanu, attīstot izpratni par šādiem tematiem: - strukturālā bioķīmija un proteīnu bioloģija: padziļināta aminoskābju, proteīnu salocīšanās (foldēšanās) mehānismu un proteīnu strukturālās organizācijas līmeņu analīze; - enzīmu kinētika un metabolisma starpprodukti: enzīmu katalīzes, bioķīmisko ceļu termodinamikas un galveno vielmaiņas procesu izpēte; - biomateriāli un nukleīnskābju inženierija: DNS un RNS struktūru, ģenētiskās inženierijas principu, kā arī bioloģisko molekulu mijiedarbības ar sintētiskajiem materiāliem izpēte. Studiju kursa uzdevumi: - iepazīstināt studentus ar proteīnu bioloģijas un strukturālās bioķīmijas pamatprincipiem, to nozīmi materiālzinātnē un biomateriālu izstrādē; - attīstīt studentu izpratni par proteīnu struktūras, termodinamikas un funkcijas savstarpējo saistību, kā arī to ietekmi uz materiālu īpašībām; - iemācīt analizēt un pielietot proteīnu inženierijas, rekombinanto tehnoloģiju un biomateriālu izstrādes principus inženiertehnisku uzdevumu risināšanā; - attīstīt studentu prasmes izmantot skaitļošanas metodes un zinātnisko literatūru proteīnu struktūras, stabilitātes un funkciju analīzei; - veicināt izpratni par bioētikas, intelektuālā īpašuma, kvalitātes vadības (GLP/GMP) un normatīvo prasību nozīmi biomateriālu izstrādē un ražošanā; - pilnveidot studentu prasmes analizēt, prezentēt un argumentēti diskutēt par biomateriālu un proteīnu inženierijas risinājumiem akadēmiskajā un profesionālajā vidē.
Sasniedzamie studiju
rezultāti un to vērtēšana
Izprot proteīnu struktūras un projektēšanas pamatprincipus, kā arī proteīnus kā strukturālus polimērus, izvērtējot, kā molekulārās īpašības (piemēram, sekundārās struktūras tīkli un šķērssaistes) nosaka materiālu makroskopisko mehānisko uzvedību. - Vērtēšanas metodes: Skaitļošanas (dry-lab) darbi, zinātnisko publikāciju analīze, gadījumu izpēte, prezentācijas, eksāmens. Vērtēšanas kritēriji: Rezultāts sasniegts, ja students spēj analizēt proteīnu struktūru un stabilitāti, izskaidrot molekulārās uzbūves ietekmi uz materiāla īpašībām un pamatot secinājumus, izmantojot zinātniskos avotus.
Spēj analizēt, kā aminoskābju primārā secība nosaka proteīnu trīsdimensiju struktūras veidošanos, stabilitāti un materiālu makroskopiskās īpašības. - Vērtēšanas metodes: Skaitļošanas (dry-lab) darbi, gadījumu analīze, prezentācijas, eksāmens. Vērtēšanas kritēriji: Rezultāts sasniegts, ja students spēj prognozēt proteīnu struktūras un stabilitātes izmaiņas, analizēt to ietekmi uz materiālu īpašībām un argumentēti interpretēt iegūtos rezultātus.
Izprot intelektuālā īpašuma aizsardzības kritēriju, labas laboratorijas prakses (GLP), labas ražošanas prakses (GMP) un ISO bioloģiskās saderības standartu nozīmi, lai nodrošinātu, ka izstrādātās biomolekulas atbilst ētiskajām un normatīvajām prasībām. - Vērtēšanas metodes: Gadījumu izpētes analīze, projekta darbs, prezentācijas, eksāmens. Vērtēšanas kritēriji: Rezultāts sasniegts, ja students spēj analizēt gadījumu izpēti, kas saistīta ar intelektuālā īpašuma izaicinājumiem, labas laboratorijas prakses (GLP) un labas ražošanas prakses (GMP) prasībām, kā arī izvērtēt šo prasību neievērošanas sekas; spēj veikt bioinženierijas ceļā izstrādātu proteīnu patentu meklēšanu un raksturot attiecīgos regulatīvos ceļus.
Izprot rekombinanto ekspresijas vektoru projektēšanu un spēj pielietot racionālās projektēšanas vai virzītās evolūcijas stratēģijas jaunu proteīnu bāzes biomateriālu izstrādei. - Vērtēšanas metodes: Projekta darbs, skaitļošanas (dry-lab) uzdevumi, prezentācijas, eksāmens. Vērtēšanas kritēriji: Rezultāts sasniegts, ja students spēj izvēlēties atbilstošas projektēšanas stratēģijas, saskaroties ar projektēšanas uzdevumiem vai ar projektēšanu saistītām problēmām.
Studiju rezultātu vērtēšanas kritēriji
Dalība nodarbībās (gadījumu analīzes diskusijas, komandas uzdevumi) - 30%
Prezentācijas, atskaites un praktiskie darbi datorvidē - 50%
Eksāmens - 20%
 
Priekšzināšanas Pamatzināšanas ķīmijā, fizikā un matemātikā.
Studiju kursa plānojums
Daļa KP Stundas Pārbaudījumi
Lekcijas Prakt. d. Lab. Ieskaite Eksāmens Darbs
1 6.0 28.0 34.0 0.0 *

Pieteikties uz šo kursu

[Kursa apraksts PDF formātā]