DA0012 Molekulārā datormodelēšana

Kods DA0012
Nosaukums Molekulārā datormodelēšana
Statuss Obligātais/Ierobežotās izvēles; Brīvās izvēles
Līmenis un tips Augstākā līmeņa, Akadēmiskais
Tematiskā joma Ķīmija un ķīmijas tehnoloģija
Struktūrvienība Dabaszinātņu un tehnoloģiju fakultāte
Mācībspēks Inese Mieriņa
Kredītpunkti 3.0
Daļas 1
Anotācija Studiju kursa ietvaros students apgūs nepieciešamās zināšanas un nostiprinās tās praksē, risinot problēmuzdevumus par kvantu ķīmijas pielietojumu reakciju mehānismu prognozēšanā, organisko molekulu un proteīnu dokingā, kā arī molekulārajā dinamikā..
Studiju kursa saturs
Saturs Pilna un nepilna laika klātienes studijas Nepilna laika neklātienes studijas
Kontaktstundas Patstāvīgais darbs Kontaktstundas Patstāvīgais darbs
Ab initio kvantu ķīmijas aprēķini. Kvantu ķīmijas aprēķinu pamatprincipi, uzdevumu sastādīšana un rezultātu apstrādes pamati. Organisko vielu konformāciju lokālie un globālie minimumi. Ķīmisko reakciju pārejas stāvokļu atrašana. HOMO un LUMO orbitāļu enerģiju aprēķināšana un vizualizācija. 4 2 0 0
Laboratorijas darbi par Organisko savienojumu konformāciju analīzi. Stacionāro punktu optimizācija. Ķīmiskās pārvērtības potenciālās enerģijas virsmas analīze. 12 8 0 0
Organisko molekulu un proteīnu dokings. Liganda un proteīna dokinga pamatprincipi. Ligandu un proteīnu ievadfailu sagatavošana un apstrāde. Dokinga aprēķinu rezultātu apstrāde un vizualizācija. 2 1 0 0
Laboratorijas darbi par ligandu un proteīna dokinga aprēķiniem. Aprēķinu rezultātu izvērtēšana un vizualizācija. 6 7 0 0
Molekulārā dinamika. Molekulārās dinamikas aprēķinu pamatprincipi. Ievadfailu sagatavošana un apstrāde. Molekulārās dinamikas aprēķinu rezultātu apstrāde un vizualizācija. 2 1 0 0
Laboratorijas darbi par molekulārās dinamikas aprēķinu rezultātu izvērtēšanu un vizualizāciju. 6 7 0 0
Eksāmens. 2 20 0 0
Kopā: 34 46 0 0
Mērķis un uzdevumi, izteikti
kompetencēs un prasmēs 		Studiju kursa mērķis ir dot studentiem sapratni par teorētisko aprēķinu pielietojumu organiskās un medicīnas ķīmijas problēmas risināšanā. Studiju kursa uzdevumi: - dot zināšanas par kvantu aprēķinu pielietojumu reakciju pētījumos un veicināt kritisku iegūto datu izvērtēšanu; - dot izpratni par proteīnu un ligandu dokingu; - dot zināšanas par molekulārās dinamikas datoraprēķiniem.
Sasniedzamie studiju
rezultāti un to vērtēšana 		Pārzina kvantu ķīmisko aprēķinu pamatprincipus. - Laboratorijas darbi. Students sastāda kvantu ķīmijas aprēķina uzdevumu un apstrādā iegūtos rezultātus
Izprot un spēj pielietot ab initio kvantu aprēķinus ķīmisko reakciju mehānismu prognozēšanā. - Eksāmens. Laboratorijas darbi. Students veic organisko savienojumu konformāciju analīzi, optimizē stacionāros punktus un analizē potenciālās enerģijas virsmas.
Izprot ligandu un proteīnu dokingu. - Eksāmens. Laboratorijas darbi. Students veic liganda un proteīna dokinga aprēķinus, vizualizē un izvērtē rezultātu.
Izprot molekulāro dinamiku. - Eksāmens. Laboratorijas darbi. Students veic molekulārās dinamikas aprēķinu un rezultātu vizualizāciju un izvērtē rezultātus.
Studiju rezultātu vērtēšanas kritēriji
Laboratorijas darbi - 50%
Eksāmens - 50%
 
Priekšzināšanas Organiskā ķīmija. Fizikālā ķīmija.
Studiju kursa plānojums
Daļa KP Stundas Pārbaudījumi Pārbaudījumi (brīvai izvēlei)
Lekcijas Prakt. d. Lab. Ieskaite Eksāmens Darbs Ieskaite Eksāmens Darbs
1 3.0 8.0 0.0 24.0 * *
Pieteikties uz šo kursu
[Kursa apraksts PDF formātā]