| Kods | PA0222 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Nosaukums | Nukleīnskābju sekvencēšanas lielo datu analīze | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Statuss | Obligātais/Ierobežotās izvēles | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Līmenis un tips | Pamatstudiju, Akadēmiskais | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Tematiskā joma | Bioloģija | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Struktūrvienība | Dabaszinātņu un tehnoloģiju fakultāte | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mācībspēks | Tālis Juhna, Iveta Lauva | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Kredītpunkti | 3.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Daļas | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Anotācija |
Studiju kursu īsteno Latvijas Universitāte, kursa izstrādātājs ir Raitis Pečulis.. Studiju kursā apskatīti galvenie nukleīnskābju sekvencēšanas eksperimentu mērķi, mērķu sasniegšanai piemērotāko metožu pielietošana, datu plūsmu veidošana, rezultātu prioritizēšana un interpretēšana. Studiju kursā uzsvars likts uz datu analīzes metožu praktisko pielietojumu papildinot to ar teorētisko pamatojumu katrai no metodēm, iespējamām altenatīvām un priekšrocībām un trūkumiem.. Pilnu studiju kursu skatīt: https://www.lu.lv/studijas/studiju-celvedis/programmu-un-kursu-katalogi/kursu-katalogs/?tx_lustudycatalogue_pi1[action]=detail&tx_lustudycatalogue_pi1[controller]=Course&tx_lustudycatalogue_pi1[course]=Biol3058.. |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Studiju kursa saturs |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
Mērķis un uzdevumi, izteikti kompetencēs un prasmēs |
Studiju kursa mērķis ir nodrošināt studentiem iespējas apgūt zināšanas kā veikt lielapjoma nukleīnskābju sekvencēšanas datu analīzi HPC vidē. Studiju kursa uzdevumi: • attīstīt studentu spēju analizēt nukleīnskābju sekvencēšanas datus, pielietojot pētījuma mērķim atbilstošās datu analīzes metodes; • attīstīt studentu spēju interpretēt un vizualizēt nukleīnskābju sekvencēšanas datu analīzes rezultātus; • attīstīt studentu spēju izprast, kritiski interpretēt un izskaidrot literatūrā pieejamos nukleīnskābju sekvencēšanas rezultātus. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
Sasniedzamie studiju rezultāti un to vērtēšana |
Pārzina datņu veidus, struktūru un parametrus; Pārzina nukleīnskābju sekvencēšanas metodes; definē nukleīnskābju sekvencēšanas pētījumu mērķus un nepieciešamos rezultātus. - 1.starppārbaudījums. 2.starppārbaudījums. Eksāmens. Prot veikt nukleīnskābju sekvencēšanas datu kvalitātes kontroli; nukleīnskābju sekvencēšanas datu pielīdzināšanu references genomam; ģenētisko variantu noteikšanu DNS sekvencēšanas datos. - 1.starppārbaudījums. 2.starppārbaudījums. Eksāmens. Prot veikt diferencēti ekspresētu gēnu noteikšanu RNS sekvencēšanas datos; vizualizēt datu analīzes rezultātus programmā R. - 1.starppārbaudījums. 2.starppārbaudījums. Eksāmens. Spēj plānot savu nukleīnskābju sekvencēšanas datu analīzi un tai nepieciešamos skaitļošanas resursus; veikt nukleīnskābju sekvencēšanas datu rezultātu kritisku izvērtēšanu. - 1.starppārbaudījums. 2.starppārbaudījums. Eksāmens. |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Studiju rezultātu vērtēšanas kritēriji |
1.starppārbaudījums - 25%
2.starppārbaudījums - 40% Eksāmens - 35% |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Priekšzināšanas | Pamata R un pamata UNIX termināla zināšanas. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Studiju kursa plānojums |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||