PA0206 Ģenētika un genomika

Kods PA0206
Nosaukums Ģenētika un genomika
Statuss Obligātais/Ierobežotās izvēles
Līmenis un tips Pamatstudiju, Akadēmiskais
Tematiskā joma Bioloģija
Struktūrvienība Dabaszinātņu un tehnoloģiju fakultāte
Mācībspēks Tālis Juhna, Iveta Lauva
Kredītpunkti 6.0
Daļas 1
Anotācija Studiju kursu īsteno Latvijas Universitāte, kursa izstrādātājs ir Nils Rostoks..
Studiju kursā studenti apgūs iemaņas darbā ar dažādām bioloģiskās informācijas datubāzēm un bioinformātikas programmām, kas saistītas ar nukleīnskābju un aminoskābju sekvenču daudzkārtēju salīdzināšanu, homoloģijas meklēšanu un filoģenētisko analīzi. Mērķa sasniegšanai studenti papildus teorētiskās studiju kursa daļas apgūšanai piedalīsies semināros un patstāvīgi risinās specifiskus, ar bioloģiskās informācijas ieguvi un analīzi saistītus uzdevumus..
Pilnu studiju kursu skatīt: https://www.lu.lv/studijas/studiju-celvedis/programmu-un-kursu-katalogi/kursu-katalogs/?tx_lustudycatalogue_pi1[action]=detail&tx_lustudycatalogue_pi1[controller]=Course&tx_lustudycatalogue_pi1[course]=Biol2052.
Studiju kursa saturs
Saturs Pilna un nepilna laika klātienes studijas Nepilna laika neklātienes studijas
Kontaktstundas Patstāvīgais darbs Kontaktstundas Patstāvīgais darbs
Ģenētikas un genomikas pamatjēdzieni. Mendeļa iedzimtības likumi. 4 6 0 0
Iedzimtības hromosomālais un molekulārais pamats. Citoģenētika. Kariotips. 2 3 0 0
Gēnu darbība. Genotips, fenotips un vides mijiedarbības. Gēnu mijiedarbības. Epiģenētika. Imprintings. 6 9 0 0
Gēnu kartēšana. Saistība un rekombinācija. Saistības kartes. Ģenētiskās analīzes pamati. 6 9 0 0
Baktēriju un bakteriofāgu ģenētika. Konjugācija, transformācija, transdukcija. 2 3 0 0
Kvantitatīvās pazīmes un to kartēšana. 2 3 0 0
Populāciju ģenētika. Gēni un to alēles populācijās. Asociāciju kartēšana. Nelīdzsvarotā saistība 2 3 0 0
Ģenētikas pielietojamie aspekti. Medicīniskā ģenētika. Augu un dzīvnieku selekcija. 4 6 0 0
Seminārs. Izvēlēti ģenētikas pielietojamie aspekti. 8 12 0 0
Bioinformātikas jēdziens. Bioloģiskās informācijas daudzveidība un apjoms. Genomu organizācija un evolūcija. Salīdzinošā genomika. Genomu anotācija. 4 6 0 0
Bioloģiskās informācijas datubāzes. Informācijas meklēšanas un iegūšanas sistēmas. 2 3 0 0
Informācijas meklēšana un analīze NCBI un EMBL-EBI datubāzēs. 4 6 0 0
Nukleīnskābju un proteīnu sekvenču līdzības pamatprincipi. Sekvenču pāru un daudzkārtējais sekvenču salīdzinājums. Dažādas salīdzināšanas metodes, to priekšrocības un pielietošanas nosacījumi. 2 3 0 0
Filoģenētiskā analīze. Klāsteru un kladistisko metožu pielietojums filoģenētisko koku konstruēšanā. 4 6 0 0
Noteiktu nukleīnskābju un aminoskābju sekvenču meklēšana publiskās datubāzēs. Sekvenču salīdzināšana ar BLAST un CLUSTAL rīkiem. Filoģenētiskā analīze. 4 6 0 0
Seminārs. Uzdevumu rezultātu prezentācija par tēmām, kas saistītas ar genomu struktūru, homoloģijas meklēšanu un sekvenču salīdzināšanas metodēm. 8 12 0 0
Kopā: 64 96 0 0
Mērķis un uzdevumi, izteikti
kompetencēs un prasmēs
Studiju kursa mērķis ir nodrošināt iespēju studentiem iegūt pamatzināšanas par iedzimtības un mainības likumiem, iepazīstināt studentus ar genomu struktūru un bioinformātikas analīzes pamatiem. Studiju kursa uzdevumi: 1) iepazīstināt studentus ar bioinformātikas pamatiem bioloģisko sekvenču (virkņu) analīzei; 2) veicināt iemaņas patstāvīgi sameklēt un analizēt proteīnu un nukleīnskābju sekvences izmantojot demonstrētās bioinformātikas metodes.
Sasniedzamie studiju
rezultāti un to vērtēšana
Izprot ģenētikas pamatteorijas; pārzina genomu struktūru, evolūciju un salīdzinošo genomiku; izprot bioinformātikas jomu un bioloģiskās informācijas apjomu un daudzveidību. - 4 testi par zinātnisko publikāciju.
Izprot bioloģisko virkņu (sekvenču) līdzības pamatprincipus un salīdzināšanas metodes; izprot filoģenētiskās analīzes pamatus. - 4 testi par zinātnisko publikāciju.
Prot veikt vienkāršu ģenētisko analīzi; izmantot biežāk pielietotās bioloģiskās informācijas datubāzes konkrētas informācijas meklēšanai un iegūšanai; izmantot virkņu (sekvenču) pāru un daudzkārtējo salīdzinājumu homologo sekvenču meklēšanai un analīzei. - 2 praktiskā darba protokoli. Semināra prezentācija ģenētikā. Semināra prezentācija genomikā un bioinformātikā. Rakstisks eksāmens.
Spēj iepazīt un izvērtēt zinātnisko literatūru ģenētikas jomā un novērtēt ģenētikas sasniegumu pielietojumu medicīnā un selekcijā; izmantot iegūtās zināšanas un prasmes patstāvīgai bioinformātikas uzdevumu risināšanai. - Semināra prezentācija ģenētikā. Semināra prezentācija genomikā un bioinformātikā. Rakstisks eksāmens.
Spēj darba vadītāja vadībā kritiski izvērtēt un plānot noteiktu bioinformātikas datubāžu un rīku izmantošanu pētījuma veikšanai. - Semināra prezentācija ģenētikā. Semināra prezentācija genomikā un bioinformātikā. Rakstisks eksāmens.
Studiju rezultātu vērtēšanas kritēriji
Tests par zinātnisko publikāciju 1 - 5%
Tests par zinātnisko publikāciju 2 - 5%
Tests par zinātnisko publikāciju 3 - 5%
Tests par zinātnisko publikāciju 4 - 5%
Praktiskā darba protokols 1 - 10%
Praktiskā darba protokols 2 - 10%
Semināra prezentācija ģenētikā - 20%
Semināra prezentācija genomikā un bioinformātikā - 20%
Rakstisks eksāmens - 20%
 
Priekšzināšanas Studiju kursam priekšzināšanas nav nepieciešamas.
Studiju kursa plānojums
Daļa KP Stundas nedēļā Pārbaudījumi
Lekcijas Prakt. d. Lab. Ieskaite Eksāmens Darbs
1 6.0 60.0 20.0 0.0 *

Pieteikties uz šo kursu

[Kursa apraksts PDF formātā]